Tras 4 temporadas entre la Regional Ordinaria y la Regional Preferente y tras dos ascensos, compite finalmente en la Tercera División durante las temporadas 2006/07 y 2007/08. El equipo desaparece en esta última temporada después de descender a Regional Preferente y el club no poder mantenerle en esa categoría. Firma un convenio de colaboración con otro club de la ciudad, el CD Universidad de Burgos, club que esta misma temporada compite en la misma categoría que estaba el filial, la Primera División Regional Aficionados.
