El debut en dicha condición tiene lugar el 9 de mayo, frente a Sportivo Suizo, partido en que Lanús logra su primera victoria en la historia, por 2 tantos contra 1. El 10 de octubre logra la primera goleada, equipacion atletico de madrid 6-0 frente a Gimnasia y Esgrima de Banfield. La temporada 2012-13 la termina el Rayo en 8.ª posición con 53 puntos, siendo la mejor temporada (tanto en puntos como en clasificación) de la Historia del equipo, que además practicó un hermoso fútbol de ataque.
