Al año siguiente (temporada 2003/04), en Primera División, Quilmes pelea el torneo Apertura con Boca, pero se cae en las últimas fechas. Además, cosecha 60 puntos entre los campeonatos Apertura y Clausura, camisetas atletico de madrid lo que lo clasifica a la primera fase de la copa Libertadores de América. En 2005, disputa la Copa Libertadores por segunda vez en su historia. De esta forma el conjunto cervecero regresó a Primera luego de 11 años.
